Как развернуть агент Microsoft System Center Advisor на нескольких серверах Windows 2008 R2?

Агент SCA поддерживает аргументы командной строки для автоматической установки. Конкретные переключатели можно найти здесь.

Когда у вас есть сценарий, вы можете развернуть его с помощью инструмента управления конфигурацией (например, Intune, который, как вы сказали, вы не можете использовать для этого), или с помощью более громоздкого подхода, такого как использование psexec или PowerShell remoting для выполнения скрипта на каждом сервере.