Установка Shapely на док-станции Alpine

Question

Установка Shapely на док-станции Alpine

Я пытаюсь переместить свой проект в докер, и я использую альпийский вариант. Это проект Django с базой данных Postgres

Вот как я устанавливаю зависимости:

...
ADD ./requirements.txt /srv/sites/mysite/requirements.txt

RUN echo "http://mirror.leaseweb.com/alpine/edge/testing" >> 
/etc/apk/repositories

RUN apk add --no-cache --virtual .build-deps \
build-base postgresql-dev libffi-dev gcc libc-dev linux-headers bash \
geos geos-dev jpeg-dev zlib-dev \
&& pip install -r requirements.txt \
&& find /usr/local \
    \( -type d -a -name test -o -name tests \) \
    -o \( -type f -a -name '*.pyc' -o -name '*.pyo' \) \
    -exec rm -rf '{}' + \
&& runDeps="$( \
    scanelf --needed --nobanner --recursive /usr/local \
            | awk '{ gsub(/,/, "\nso:", $2); print "so:" $2 }' \
            | sort -u \
            | xargs -r apk info --installed \
            | sort -u \
)" \
&& apk add --virtual .rundeps $runDeps \
&& apk del .build-deps
...

geos geos-dev зависимость Шапли. все идет хорошо, пока я не попробую запустить веб-сервер, так как я тестирую, я просто использую runserver командовать в docker-compose и это приводит к

web_1_ba4690531efe | Traceback (most recent call last):
web_1_ba4690531efe |   File "/srv/sites/mysite/manage.py", line 10, in <module>
web_1_ba4690531efe |     execute_from_command_line(sys.argv)
web_1_ba4690531efe |   File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/django/core/management/__init__.py", line 364, in execute_from_command_line
web_1_ba4690531efe |     utility.execute()
web_1_ba4690531efe |   File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/django/core/management/__init__.py", line 338, in execute
web_1_ba4690531efe |     django.setup()
web_1_ba4690531efe |   File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/django/__init__.py", line 27, in setup
web_1_ba4690531efe |     apps.populate(settings.INSTALLED_APPS)
web_1_ba4690531efe |   File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/django/apps/registry.py", line 108, in populate
web_1_ba4690531efe |     app_config.import_models()
web_1_ba4690531efe |   File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/django/apps/config.py", line 202, in import_models
web_1_ba4690531efe |     self.models_module = import_module(models_module_name)
web_1_ba4690531efe |   File "/usr/local/lib/python3.6/importlib/__init__.py", line 126, in import_module
web_1_ba4690531efe |     return _bootstrap._gcd_import(name[level:], package, level)
web_1_ba4690531efe |   File "<frozen importlib._bootstrap>", line 994, in _gcd_import
web_1_ba4690531efe |   File "<frozen importlib._bootstrap>", line 971, in _find_and_load
web_1_ba4690531efe |   File "<frozen importlib._bootstrap>", line 955, in _find_and_load_unlocked
web_1_ba4690531efe |   File "<frozen importlib._bootstrap>", line 665, in _load_unlocked
web_1_ba4690531efe |   File "<frozen importlib._bootstrap_external>", line 678, in exec_module
web_1_ba4690531efe |   File "<frozen importlib._bootstrap>", line 219, in _call_with_frames_removed
web_1_ba4690531efe |   File "/srv/sites/mysite/utils/models.py", line 5, in <module>
web_1_ba4690531efe |     from utils.common_models import AbstractDetailedPerson, AbstractTimeStamped
web_1_ba4690531efe |   File "/srv/sites/mysite/utils/common_models.py", line 5, in <module>
web_1_ba4690531efe |     from utils.functions import national_id_validator
web_1_ba4690531efe |   File "/srv/sites/mysite/utils/functions.py", line 16, in <module>
web_1_ba4690531efe |     from shapely.geometry import Polygon, Point
web_1_ba4690531efe |   File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/shapely/geometry/__init__.py", line 4, in <module>
web_1_ba4690531efe |     from .base import CAP_STYLE, JOIN_STYLE
web_1_ba4690531efe |   File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/shapely/geometry/base.py", line 17, in <module>
web_1_ba4690531efe |     from shapely.coords import CoordinateSequence
web_1_ba4690531efe |   File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/shapely/coords.py", line 8, in <module>
web_1_ba4690531efe |     from shapely.geos import lgeos
web_1_ba4690531efe |   File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/shapely/geos.py", line 76, in <module>
web_1_ba4690531efe |     free = load_dll('c').free
web_1_ba4690531efe |   File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/shapely/geos.py", line 56, in load_dll
web_1_ba4690531efe |     libname, fallbacks or []))
web_1_ba4690531efe | OSError: Could not find lib c or load any of its variants [].

теперь я предполагаю, что либо я удалил некоторую зависимость, либо мне нужно установить некоторые другие библиотеки. Сделал поиск в Google и, видимо, мне нужно установить sudo apt-get install libgeos-c1 но я не могу найти alpine/apk эквивалент

3

docker python django alpine

Источник

Amir Heshmati 30 дек '18 в 07:35

3 ответа

Другие вопросы по тегам docker python django alpine

mbarto 26 апр '19 в 12:33 2019-04-26 12:33 · Answer 1 · 2019-04-26 12:33

Я боролся с той же проблемой (хотя не работал с базами данных Django и PostGres).

Наконец мне удалось решить это с помощью решения Амира. Я добавил репозитории из dl-cdn.alpinelinux.org в соответствии с https://github.com/appropriate/docker-postgis/blob/master/Dockerfile.alpine.template. Важнейшей частью был запуск geos-config после реализации geos-dev и geos. После этого я установил модули python, включая панд. В разделе очистки.build-deps пропущен, как сказано.

Это часть моего Dockerfile, которая добилась цели:

...
RUN apk --update добавить базу сборки libxslt-dev

RUN apk add --virtual.build-deps \
        --repository http://dl-cdn.alpinelinux.org/alpine/edge/testing \
        --repository http://dl-cdn.alpinelinux.org/alpine/edge/main \
        gcc libc-dev geos-dev geos && \
    runDeps = "$ (scanelf --needed --nobanner --recursive / usr / local \
    | awk '{gsub (/, /, "\ nso:", $ 2); выведите "so:" $ 2} '\
    | xargs -r apk info --installed \
    | sort -u) "&& \
    apk add --virtual.rundeps $ runDeps

RUN geos-config --cflags

RUN pip install --disable-pip-version-check -r needs.txt

RUN apk del build-base python3-dev && \
    rm -rf / var / cache / apk / *...

Кстати, я также попробовал решение, представленное на https://github.com/calendar42/docker-python-geos/blob/master/Dockerfile. Но это не сработало для меня.

silviot 26 апр '19 в 08:08 2019-04-26 08:08 · Answer 2 · 2019-04-26 08:08

Я столкнулся с той же проблемой и решил ее, установив gcc с apk add gcc,

При ближайшем рассмотрении проблема вызвана этой ошибкой в альпийском изображении.

Возможный (довольно хакерский) обходной путь (помимо установки gcc, который довольно тяжелый) - это исправить файл /sbin/ldconfig замена первой строки

#!/bin/sh
if [ "$1" = "-p" ]; then
    # Hack to mimic GNU ldconfig s -p option, needed by ctypes, used by shapely
    echo "    libc.musl-x86_64.so.1 (libc6,x86-64) => /lib/libc.musl-x86_64.so.1"
    exit 0
fi

04 мар '20 в 18:57 2020-03-04 18:57 · Answer 3 · 2020-03-04 18:57

Похоже, сейчас geos в alpine 3.11, пробую

FROM lsiobase/alpine:3.11

похоже работает для меня

0

Источник

04 мар '20 в 18:57

Amir Heshmati 01 янв '19 в 10:52 2019-01-01 10:52 · Answer 4 · 2019-01-01 10:52

Это было решено удалением раздела очистки файла Dockerfile, но после компиляции я обнаружил ошибку pandas

>>> import pandas
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/pandas/__init__.py", line 26, in <module>
    from pandas._libs import (hashtable as _hashtable,
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/pandas/_libs/__init__.py", line 4, in <module>
    from .tslib import iNaT, NaT, Timestamp, Timedelta, OutOfBoundsDatetime
  File "__init__.pxd", line 872, in init pandas._libs.tslib
ValueError: numpy.ufunc has the wrong size, try recompiling. Expected 192, got 216

так что я перешел на тонкий вариант и все прошло хорошо.