В чем разница между регистрацией SSL через mmc и IIS?

Регистрация через IIS запрашивает сертификат с Webserver шаблон. По умолчанию это срок службы 2 года.

Регистрация в MMC позволяет вам выбрать любой из шаблонов, опубликованных ADCS. Если вы выбираете Webserver шаблон, полученный сертификат будет таким же, как если бы вы использовали IIS для регистрации; хотя вы получаете больше параметров с MMC, так что это может быть не совсем верно, если вы начнете настраивать эти параметры.

Возможность зарегистрироваться из IIS для удобства. Я считаю, что у Exchange есть похожая опция.