Структура системы контроля версий - конфигурация и сценарии

Мы планируем внедрить контроль версий для нашей команды серверов, чтобы мы могли сохранять наши конфигурационные файлы и код в чистоте.
Серверная база в основном Windows с небольшим количеством Linux и распространяется на несколько континентов. Поскольку главная цель проекта - взять под контроль (без каламбура) распространение сценариев конфигурации и поддерживать конфигурационные файлы в чистоте.
Мне интересно, существуют ли какие-либо лучшие рекомендации по структурированию хранилища. К сожалению, мой гугл-фу подводит меня здесь. Извиняюсь, если об этом уже спрашивали.

Я могу начать с двух репозиториев: "scripts" и "config files", а затем создавать подкаталоги по мере продвижения. Однако я убежден, что это было сделано много раз, и я бы не стал повторять чужие ошибки. Есть ли хорошие правила для организации данных в каталогах 'scripts' и 'config files'?

Что касается выбора системы управления исходным кодом, я склоняюсь к распределенной системе VC ( git, mercurial), которая уже обладает встроенной устойчивостью для многоузлового развертывания. Также важны некоторые другие параметры, например: аутентификация с использованием групп на нескольких серверах LDAP (т.е. доменах AD) и приятный клиент с графическим интерфейсом Windows, чтобы угодить пользователям Windows.