Можно ли запустить команду на Windows Server из Linux?

Проверьте winexe - это зависит от samba, использует RPC для запуска удаленных команд и может даже поставляться с пакетами вашего дистрибутива.

Изменить: даже если ваш дистрибутив не имеет предварительно скомпилированного и вы не хотите компилировать себя, вы должны проверить Build Service - он, скорее всего, будет иметь бинарную версию, которая понадобится вашей системе.

Как уже предлагали другие, вы можете настроить ssh-сервер на win box с помощью cygwin и таким образом удаленно запускать файлы.bat или.cmd.

Вы действительно не описали, что вы хотите сделать или как часто вы хотите это сделать.

Если то, что вы хотите сделать, является повторяемым и параметризуемым, вы можете использовать старое решение создания демона на удаленном сервере, который периодически проверяет записи файлов в общем каталоге, где записи файлов содержат параметры для сценария. Так работали серверы печати и многие другие демоны. Если вы сделаете это таким образом, то обычные старые запланированные задачи Windows, пакетные файлы и общие каталоги унесут вас далеко.

Современная версия (и, возможно, намного более излишняя) этого, конечно, заключается в создании простого веб-сервера на компьютере с Windows, который выполняет задачу восстановления базы данных всякий раз, когда кто-то запрашивает соответствующий URL-адрес.

Вы можете запустить службу Telnet на сервере Windows, а затем выполнить команду через сеанс Telnet.