Ошибка 2013: потеря соединения с сервером MySQL во время запроса при выполнении команды CHECK TABLE FOR UPGRADE

Я только что обновил Ubuntu с 11.10 до 12.04. Мое приложение rails теперь возвращает ошибку (passenger) "Не удается подключиться к локальному серверу MySQL через сокет '/var/run/mysqld/mysqld.sock' (111) (Mysql2::Error)". Я получаю похожую ошибку, когда пытаюсь получить доступ к mysql из командной строки на моем сервере Ubuntu, используя mysql -u root -p.

У меня установлен MySQL-сервер 5.5. Я проверил, и MySQL не работает. Когда я пытаюсь перезапустить его, это не удается.

Вот некоторые ключевые строки из хвоста /var/log/syslog после попытки перезапуска:

dean@dgwjasonfried:/etc/mysql$ tail -f /var/log/syslog
Mar  7 08:55:27 dgwjasonfried /etc/mysql/debian-start[5107]: Looking for 'mysqlcheck' as: /usr/bin/mysqlcheck
Mar  7 08:55:27 dgwjasonfried /etc/mysql/debian-start[5107]: Running 'mysqlcheck' with connection arguments: '--port=3306' '--socket=/var/run/mysqld/mysqld.sock' '--host=localhost' '--socket=/var/run/mysqld/mysqld.sock' '--host=localhost' '--socket=/var/run/mysqld/mysqld.sock' 
Mar  7 08:55:27 dgwjasonfried /etc/mysql/debian-start[5107]: Running 'mysqlcheck' with connection arguments: '--port=3306' '--socket=/var/run/mysqld/mysqld.sock' '--host=localhost' '--socket=/var/run/mysqld/mysqld.sock' '--host=localhost' '--socket=/var/run/mysqld/mysqld.sock' 
Mar  7 08:55:27 dgwjasonfried /etc/mysql/debian-start[5107]: /usr/bin/mysqlcheck: Got error: 2013: Lost connection to MySQL server during query when executing 'CHECK TABLE ...  FOR UPGRADE'
Mar  7 08:55:27 dgwjasonfried /etc/mysql/debian-start[5107]: FATAL ERROR: Upgrade failed
Mar  7 08:55:27 dgwjasonfried /etc/mysql/debian-start[5107]: molex_app_development.assets                       OK
Mar  7 08:55:27 dgwjasonfried /etc/mysql/debian-start[5107]: molex_app_development.ecd_types                    OK
Mar  7 08:55:27 dgwjasonfried /etc/mysql/debian-start[5124]: Checking for insecure root accounts.
Mar  7 08:55:27 dgwjasonfried kernel: [ 7551.769657] init: mysql main process (5064) terminated with status 1
Mar  7 08:55:27 dgwjasonfried kernel: [ 7551.769697] init: mysql respawning too fast, stopped

Вот большая часть /etc/mysql/my.cnf:

Remember to edit /etc/mysql/debian.cnf when changing the socket location.
[client]
port            = 3306
socket          = /var/run/mysqld/mysqld.sock

Here is entries for some specific programs
The following values assume you have at least 32M ram

This was formally known as [safe_mysqld]. Both versions are currently parsed.
[mysqld_safe]
socket          = /var/run/mysqld/mysqld.sock
nice            = 0

[mysqld]

  Basic Settings

user            = mysql
pid-file        = /var/run/mysqld/mysqld.pid
socket          = /var/run/mysqld/mysqld.sock
port            = 3306
basedir         = /usr
datadir         = /var/lib/mysql
tmpdir          = /tmp
lc-messages-dir = /usr/share/mysql
skip-external-locking

 Instead of skip-networking the default is now to listen only on
 localhost which is more compatible and is not less secure.
bind-address            = 127.0.0.1

А вот разрешения для var / run / mysqld / mysqld.sock:

srwxrwxrwx 1 mysql mysql 7 марта 09:18 mysqld.sock

Я был бы благодарен за любые предложения, которые может иметь сообщество. Я рассмотрел соответствующие вопросы здесь и попытался некоторые из предложенных исправлений, но безрезультатно.

Спасибо!

Дин Ричардсон

Обновить:

Благодаря предложению кванты я посмотрел файл /var/log/mysql/error.log. Я нашел сообщения об ошибках, относящиеся к указателям, фатальным сигналам и многим другим вещам, которые я действительно не мог понять. Однако я также нашел ссылки на справочные страницы mysql. Один из них предложил мне попробовать запустить mysqld с параметром --innodb_force_recovery=#, затем попытаться сбросить (или удалить) поврежденную / поврежденную базу данных или таблицу.

Я работал по эскалации уровней опций один за другим (innodb_force_recovery=1, innodb_force_recovery=2 и т. Д.). Это позволило мне успешно запустить mysql -u root -p из командной строки и выполнить несколько команд. Я мог выполнять запросы к своей производственной базе данных, но любая попытка запросить, сбросить или даже отбросить мою базу данных разработки привела к ошибке и привела к потере подключения к mysql.

Так что я добился прогресса, но пока я каким-то образом не могу удалить или восстановить свою базу данных разработки, я все еще не могу загрузить свое приложение.

Любые дальнейшие советы или предложения?

Спасибо!

декан

Обновить:

Сразу после запуска sudo mysqld --innodb_force_recover=1 из командной строки error.log содержит следующее:

Сразу после повторной попытки sudo mysqld --innodb_force_recover=1, файл error.log показывает это:

130308  4:55:39 [Note] Plugin 'FEDERATED' is disabled.
130308  4:55:39 InnoDB: The InnoDB memory heap is disabled
130308  4:55:39 InnoDB: Mutexes and rw_locks use GCC atomic builtins
130308  4:55:39 InnoDB: Compressed tables use zlib 1.2.3.4
130308  4:55:39 InnoDB: Initializing buffer pool, size = 128.0M
130308  4:55:39 InnoDB: Completed initialization of buffer pool
130308  4:55:39 InnoDB: highest supported file format is Barracuda.
InnoDB: The log sequence number in ibdata files does not match
InnoDB: the log sequence number in the ib_logfiles!
130308  4:55:39  InnoDB: Database was not shut down normally!
InnoDB: Starting crash recovery.
InnoDB: Reading tablespace information from the .ibd files...
InnoDB: Restoring possible half-written data pages from the doublewrite
InnoDB: buffer...
130308  4:55:40  InnoDB: Waiting for the background threads to start
130308  4:55:41 InnoDB: 1.1.8 started; log sequence number 10259220
130308  4:55:41 InnoDB: !!! innodb_force_recovery is set to 1 !!!
130308  4:55:41 [Note] Server hostname (bind-address): '127.0.0.1'; port: 3306
130308  4:55:41 [Note]   - '127.0.0.1' resolves to '127.0.0.1';
130308  4:55:41 [Note] Server socket created on IP: '127.0.0.1'.
130308  4:55:41 [Note] Event Scheduler: Loaded 0 events
130308  4:55:41 [Note] mysqld: ready for connections.
Version: '5.5.29-0ubuntu0.12.04.2'  socket: '/var/run/mysqld/mysqld.sock'  port: 3306  (Ubuntu)

Затем после mysql -u root -p и

mysql> drop database molex_app_development;
ERROR 2013 (HY000): Lost connection to MySQL server during query
mysql> 

error.log содержит:

dean@dgwjasonfried:/var/log/mysql$ tail -f error.log
/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(clone+0x6d)[0x7f6a3ff9ecbd]

Trying to get some variables.
Some pointers may be invalid and cause the dump to abort.
Query (7f6a1c004bd8): is an invalid pointer
Connection ID (thread ID): 1
Status: NOT_KILLED

The manual page at http://dev.mysql.com/doc/mysql/en/crashing.html contains
information that should help you find out what is causing the crash.
130308  4:55:39 [Note] Plugin 'FEDERATED' is disabled.
130308  4:55:39 InnoDB: The InnoDB memory heap is disabled
130308  4:55:39 InnoDB: Mutexes and rw_locks use GCC atomic builtins
130308  4:55:39 InnoDB: Compressed tables use zlib 1.2.3.4
130308  4:55:39 InnoDB: Initializing buffer pool, size = 128.0M
130308  4:55:39 InnoDB: Completed initialization of buffer pool
130308  4:55:39 InnoDB: highest supported file format is Barracuda.
InnoDB: The log sequence number in ibdata files does not match
InnoDB: the log sequence number in the ib_logfiles!
130308  4:55:39  InnoDB: Database was not shut down normally!
InnoDB: Starting crash recovery.
InnoDB: Reading tablespace information from the .ibd files...
InnoDB: Restoring possible half-written data pages from the doublewrite
InnoDB: buffer...
130308  4:55:40  InnoDB: Waiting for the background threads to start
130308  4:55:41 InnoDB: 1.1.8 started; log sequence number 10259220
130308  4:55:41 InnoDB: !!! innodb_force_recovery is set to 1 !!!
130308  4:55:41 [Note] Server hostname (bind-address): '127.0.0.1'; port: 3306
130308  4:55:41 [Note]   - '127.0.0.1' resolves to '127.0.0.1';
130308  4:55:41 [Note] Server socket created on IP: '127.0.0.1'.
130308  4:55:41 [Note] Event Scheduler: Loaded 0 events
130308  4:55:41 [Note] mysqld: ready for connections.
Version: '5.5.29-0ubuntu0.12.04.2'  socket: '/var/run/mysqld/mysqld.sock'  port: 3306  (Ubuntu)
130308  4:58:23 [ERROR] Incorrect definition of table mysql.proc: expected column 'comment' at position 15 to have type text, found type char(64).
130308  4:58:23  InnoDB: Assertion failure in thread 140168992810752 in file fsp0fsp.c line 3639
InnoDB: We intentionally generate a memory trap.
InnoDB: Submit a detailed bug report to http://bugs.mysql.com.
InnoDB: If you get repeated assertion failures or crashes, even
InnoDB: immediately after the mysqld startup, there may be
InnoDB: corruption in the InnoDB tablespace. Please refer to
InnoDB: http://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/forcing-innodb-recovery.html
InnoDB: about forcing recovery.
10:58:23 UTC - mysqld got signal 6 ;
This could be because you hit a bug. It is also possible that this binary
or one of the libraries it was linked against is corrupt, improperly built,
or misconfigured. This error can also be caused by malfunctioning hardware.
We will try our best to scrape up some info that will hopefully help
diagnose the problem, but since we have already crashed, 
something is definitely wrong and this may fail.

key_buffer_size=16777216
read_buffer_size=131072
max_used_connections=1
max_threads=151
thread_count=1
connection_count=1
It is possible that mysqld could use up to 
key_buffer_size + (read_buffer_size + sort_buffer_size)*max_threads = 346681 K  bytes of memory
Hope that's ok; if not, decrease some variables in the equation.

Thread pointer: 0x7f7ba4f6c2f0
Attempting backtrace. You can use the following information to find out
where mysqld died. If you see no messages after this, something went
terribly wrong...
stack_bottom = 7f7ba3065e60 thread_stack 0x30000
mysqld(my_print_stacktrace+0x29)[0x7f7ba3609039]
mysqld(handle_fatal_signal+0x483)[0x7f7ba34cf9c3]
/lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0(+0xfcb0)[0x7f7ba2220cb0]
/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(gsignal+0x35)[0x7f7ba188c425]
/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(abort+0x17b)[0x7f7ba188fb8b]
mysqld(+0x65e0fc)[0x7f7ba37160fc]
mysqld(+0x602be6)[0x7f7ba36babe6]
mysqld(+0x635006)[0x7f7ba36ed006]
mysqld(+0x5d7072)[0x7f7ba368f072]
mysqld(+0x5d7b9c)[0x7f7ba368fb9c]
mysqld(+0x6a3348)[0x7f7ba375b348]
mysqld(+0x6a3887)[0x7f7ba375b887]
mysqld(+0x5c6a86)[0x7f7ba367ea86]
mysqld(+0x5ae3a7)[0x7f7ba36663a7]
mysqld(_Z15ha_delete_tableP3THDP10handlertonPKcS4_S4_b+0x16d)[0x7f7ba34d3ffd]
mysqld(_Z23mysql_rm_table_no_locksP3THDP10TABLE_LISTbbbb+0x568)[0x7f7ba3417f78]
mysqld(_Z11mysql_rm_dbP3THDPcbb+0x8aa)[0x7f7ba339780a]
mysqld(_Z21mysql_execute_commandP3THD+0x394c)[0x7f7ba33b886c]
mysqld(_Z11mysql_parseP3THDPcjP12Parser_state+0x10f)[0x7f7ba33bb28f]
mysqld(_Z16dispatch_command19enum_server_commandP3THDPcj+0x1380)[0x7f7ba33bc6e0]
mysqld(_Z24do_handle_one_connectionP3THD+0x1bd)[0x7f7ba346119d]
mysqld(handle_one_connection+0x50)[0x7f7ba3461200]
/lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0(+0x7e9a)[0x7f7ba2218e9a]
/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(clone+0x6d)[0x7f7ba1949cbd]

Trying to get some variables.
Some pointers may be invalid and cause the dump to abort.
Query (7f7b7c004b60): is an invalid pointer
Connection ID (thread ID): 1
Status: NOT_KILLED

The manual page at http://dev.mysql.com/doc/mysql/en/crashing.html contains
information that should help you find out what is causing the crash.

--Dean