Проблема безопасности с файлами PHP и разрешениями

У меня установлена ​​новая система Debian 9. Если у меня есть файл в веб-каталоге, а затем удалить из него разрешения, чтобы он не был доступен для Интернета, он все равно будет показан как доступный. Это происходит только для файлов.php. Другие файлы не имеют этой проблемы. Если я изменяю содержимое файла.php, кэш обновляется. Если я меняю права доступа к файлу, кеш не обновляется.

Кажется, что opcache виновник

Хотя я понимаю, что в большинстве случаев я должен перемещать такие файлы из веб-каталога, когда они не нужны, полезно для целей отладки сохранять их там какое-то время.

opcache.revalidate_freq устанавливает частоту обновления кеша на основе измененных временных меток. Однако при изменении разрешений метка времени не изменяется.

Без изменения метки времени, сколько времени уходит на истечение срока действия его кеша?

Есть ли способ заставить opcache распознавать измененные разрешения?