nginx + php5-fpm + mysql слишком много запросов в секунду?

У меня есть VPS Debian, на котором работает веб-сервер nginx и 2 сервера node.js, один с socket.io для предоставления данных для моего сайта, а другой для бота. Сервер сокетов выполняет много запросов, но я стараюсь поддерживать их как можно ниже, бот выполняет несколько запросов, но не слишком много, веб-сайт является обычным веб-сайтом, который принимает хороший объем трафика, например, 400 ppl на него очень часто., Мои спецификации VPS: Процессор: 4,8 ГГц (2 ядра по 2,4) ОЗУ: 2 ГБ Жесткий диск: 40 ГБ Пропускная способность: 2000 ГБ

Сайт работает очень медленно, но не использует память или ЦП, потому что эти значения остаются в пределах 40~60%. Но когда я печатаю service mysql statusвот что я получаю:

Тем: 2 Вопросов: 122488 Медленных запросов: 0 Открытий: 172 Флэш-таблиц: 1 Открытых таблиц: 113 Количество запросов в секунду, в среднем: 935.022.

И эти цифры становятся намного больше, когда сайт переполнен. Я не изменил ни my.conf, ни nginx.conf(только изменил корень), так как я в этом совершенно новичок. Что я делаю неправильно? Как я могу войти в запросы, чтобы проверить, откуда все эти?