Как я могу контролировать файлы конфигурации сервера контроля версий, которые изменяются во время выполнения приложения, используя git или другую VCS?

Существует несколько руководств по использованию git для управления веб-сайтами. Наиболее распространенные решения, по-видимому, используют зацепку post-receive для запуска операции извлечения в веб-каталог.

Для файлов конфигурации взгляните на etckeeper:

Name       : etckeeper
Arch       : noarch
Version    : 0.63
Release    : 1.el5
Size       : 36 k
Repo       : epel
Summary    : Store /etc in a SCM system (git, mercurial, bzr or darcs)
URL        : http://kitenet.net/~joey/code/etckeeper/
License    : GPLv2+
Description: The etckeeper program is a tool to let /etc be stored in a git,
           : mercurial, bzr or darcs repository. It hooks into yum to automatically
           : commit changes made to /etc during package upgrades. It tracks file
           : metadata that version control systems do not normally support, but that
           : is important for /etc, such as the permissions of /etc/shadow. It's
           : quite modular and configurable, while also being simple to use if you
           : understand the basics of working with version control.
           : 
           : The default backend is git, if want to use a another backend please
           : install the appropriate tool (mercurial, darcs or bzr).
           : To use bzr as backend, please also install the etckeeper-bzr package.
           : 
           : To start using the package please read /usr/share/doc/etckeeper-0.63/README

Во-первых, некоторые файлы, которые должны редактировать администраторы , изменяются сервером во время выполнения.

Нет проблем.

Мне также понадобятся изменения, внесенные сервером, в репозиторий, чтобы администраторы могли получить эти изменения в свои локальные репозитории.

По умолчанию, etckeeper работает ежедневно как cron работа:

/etc/cron.daily/etckeeper

#!/bin/sh
set -e
if [ -x /usr/bin/etckeeper ] && [ -e /etc/etckeeper/etckeeper.conf ]; then
    . /etc/etckeeper/etckeeper.conf
    if [ "$AVOID_DAILY_AUTOCOMMITS" != "1" ]; then
        # avoid autocommit if an install run is in progress
        lockfile=/var/cache/etckeeper/packagelist.pre-install
        if [ -e "$pe" ] && [ -n "$(find "$lockfile" -mtime +1)" ]; then
            rm -f "$lockfile" # stale
        fi
        if [ ! -e "$lockfile" ]; then
            AVOID_SPECIAL_FILE_WARNING=1
            export AVOID_SPECIAL_FILE_WARNING
            if etckeeper unclean; then
                etckeeper commit "daily autocommit" >/dev/null
            fi
        fi
    fi
fi

Если вы также хотите подключиться к удаленному репо, отредактируйте указанный выше файл, как показано ниже:

        if etckeeper unclean; then
            etckeeper commit "daily autocommit" >/dev/null
            cd /etc && git push origin master
        fi

Если ежедневного или даже мелкого интервала недостаточно, Watcher может зафиксировать ваши файлы конфигурации сразу после изменения:

/etc/watcher.ini

[DEFAULT]
logfile=/tmp/watcher.log
pidfile=/tmp/watcher.pid
[job1]
watch=/etc
events=create,delete,write_close
recursive=true
autoadd=true
command=cd /etc && etckeeper commit "daily autocommit" >/dev/null && git push origin master

Попробуйте.

Что я делал в подобных ситуациях, так это сделал живую конфигурацию репозиторием (я обычно использую Bazaar) и написал cronjob для автоматической фиксации любых изменений. Наличие живой конфигурации хранилища VCS не должно быть проблемой - единственное отличие состоит в .git каталог, который следует просто игнорировать в большинстве случаев. Интервал cronjob был бы той гранулярностью, которой вы довольны. Каждый час был достаточно хорош для моих ситуаций, но это может быть каждые 5 минут или даже 1 минута, если это необходимо.