Необъяснимое чрезмерное время отклика базы данных - очень мощное оборудование, маленькая база данных

У меня странная проблема, которая неоднократно беспокоила меня на трех разных серверах.

Эта проблема

Пожалуйста, смотрите график из NewRelic, показывающий огромное количество времени, проведенного в базе данных.

Аппаратное обеспечение;

Первоначально у меня был мощный, но переподписанный VPS, и я решил эту проблему. Затем я перешел на полностью выделенный сервер, который не был очень мощным (но мой полностью), двухъядерный Athlon, 4 ГБ оперативной памяти, диск 250 ГБ, Ubuntu 13.10, 100 Мбит / с.

Теперь я перешел на полностью выделенную коробку с Xeon E3-1270 V2 3,5 ГГц, 4 ядрами, 8 логическими ядрами, 16 ГБ оперативной памяти DDR3, 1 ТБ диском, Ubuntu 13.10, 1 Гбит / с. Средняя нагрузка на сервер никогда не превышает 0,08.

Приложение

Это простой маленький PHP SMF форум.

База данных

... всего 20 МБ, 100 таблиц, в основном InnoDB. Это в основном для чтения, и все простые запросы, получение и настройка данных, "БД" не выполняется.

База данных Percona MySQL 5.6; Вот это конфиг; http://pastebin.com/yYCawtby

Медленные журналы запросов включены; нет медленных запросов.

Если кто-нибудь может дать совет о том, как я могу решить проблему, я был бы очень признателен. Благодарю.

РЕДАКТИРОВАТЬ: вывод IOTop;

EDIT2: CPU / MEM;

EDIT3: результат;